El colegio fue fundado hace más de 50 años por los Padres Claretianos, operando primero en Urdesa y desde junio 21 de 1984 en su ubicación actual.

Después de un cuidadoso análisis y selección que hicieran los Padres Claretianos, buscando a quienes podrían con mayor éxito continuar su labor educativa, se aceptó el reto y se compró el colegio y sus instalaciones.

El 16 de mayo de 1986 comienza sus labores el nuevo Centro Educativo Espíritu Santo, integralmente renovado y reforzado en su parte académica, y los recursos didácticos indispensables para cumplir la misión de formar e informar.

Al inicio de 1986, se construyó en tiempo récord (3 meses) el bloque de aulas que ocuparía la sección preescolar (Garabatos) y el edificio donde funcionaría la secundaria del Colegio Masculino.

Tras asimilar un cúmulo de experiencias, se resuelve hacer un cambio en el nombre de la institución, orientado a proyectar en su real dimensión la gestión educativa que se estaba fraguando. Surge de esta manera el Centro de Estudios Espíritu Santo (CEES).

El nivel primario y medio del plantel han asumido el compromiso de formar integralmente a los niños y jóvenes puestos a su cuidado. Para ello considera como bases fundamentales la formación de la fe, la práctica deportiva, el cultivo de valores y el fomento del espíritu solidario, además de una excelente capacitación académica.